An der Generalversammlung des Dachvereins werden die wesentlichen Wahlgeschäfte und Grundsatzentscheide gefällt. Der Vorstand dient als Integrationsplattform, wo Perspektiven der Fachbereiche, Sektionen und Mitgliedunternehmen zusammengeführt werden. Der Vorstandsausschuss hat die strategische Oberleitung von EXPERTsuisse inne. Die Betriebs-AG ist im hundertprozentigen Eigentum des EXPERTsuisse Vereins.
In den Fachbereichen gibt es verschiedene Kommissionen, in denen Mitglieder des Milizsystems die verschiedenen Fachthemen bearbeiten. Der Präsident eines Fachbereichs ist gleichzeitig auch Vorsitzender des entsprechenden Strategieausschusses. In diesen Fachstrategieausschüssen werden Branchen und berufspolitische Themen für die Interessenvertretung über den politischen Beirat vorbereitet.
Die Mitgliedschaftskommission setzt sich aus den Präsidenten der 13 Sektionen zusammen und entscheidet hinsichtlich Neuaufnahmen, nimmt auf Gesuch Umteilungen vor und wacht über die Einhaltung der Mitgliedschaftsvoraussetzungen. Die Standeskommission ist zuständig für die Behandlung von Verstössen gegen die Grundsätze der Standes- und Berufsregeln. Die Mitglieder der Standeskommission werden von der Generalversammlung gewählt.
